Adapun yang melakukan hukuman mati terhadap Syekh Siti Jenar adalah Sunan Kudus. Syekh Siti Jenar dihukum mati dengan cara ditusuk menggunakan sebilah keris.
Keris yang digunakan dalam eksekusi mati itu adalah keris kepunyaan Sunan Gunungjati yang bernama Keris Sangyang Naga. (*)