Pada 3 Januari 1946, rombongan Soekarno-Hatta dan para menteri kabinet RI dengan menggunakan Kereta Api Luar Biasa (KLB) sekitar pukul 18.00 WIB secara diam-diam meninggalkan Jakarta menuju Yogyakarta sebagai kota tujuan.
Pemberangkatan dimulai dari belakang rumah Bung Karno di Pegangsaan Timur No.56. Sebanyak 15 pasukan khusus disiapkan untuk mengawal para tokoh bangsa. Selama 15 jam perjalanan, pengawalan serta pengamanan diperketat, akhirnya pada Jumat 4 Januari 1946 sekitar pukul 09.00 WIB rombongan tiba di Yogyakarta dengan selamat.
Terkait kepindahan kedua pimpinan Negara tersebut, maka pada malam harinya, Wakil Menteri Penerangan RI, Mr. Ali Sastroamidjojo dalam siaran RRI mengumumkan secara resmi pemindahan pemerintahan RI ke Yogyakarta pada tanggal 4 Januari 1946.
Baca Juga:Riwayat Kebangkitan Freemason CirebonGemeentehuis: Balai Kota Cirebon Karya Joost Jacob Jiskot, Anggota Freemason
Alasan pemindahan ibu kota tersebut karena keadaan Jakarta tidak aman, sementara fasilitas di Yogyakarta cukup memadai untuk dijadikan ibu kota, sebab kota ini memiliki sistem pemerintahan yang telah terorganisir cukup baik.
Disamping itu pula, secara de facto dan de jure Yogyakarta merupakan wilayah kedaulatan RI. Dengan demikian, sejak tanggal 4 Januari 1946, Yogyakarta resmi menjadi ibu kota Republik, dan perjuangan melawan Belanda diteruskan dari kota ini. Presiden kemudian berkantor di Gedung Agung yang terletak di seberang bekas benteng Kompeni Vredeburg.