Selain itu juga dapat juga kita bayangkan pada sekitar abad ke-17 Masehi, ketika di gunung-gunung itu para ajar masih mengajarkan ajarannya menggunakan aksara transisi di bawah gunung itu, di daerah Kota Gedhe, tempat pusat kerajaan Mataram Islam berdiri, orang-orang sudah mulai menggunakan aksara Jawa Baru dan (mungkin) sudah tidak bisa membaca aksara yang kuna.
Kemudian dimanakah naskah-naskah itu sekarang? Dalam laporan statistik Belanda diuraikan bahwa di dalam pondok bambu dekat tempat perabuan Panembahan Windusana yang didiami oleh Pak Kodjo, cicitnya, tersimpan banyak catatan di atas daun yang beberapa dari kitab-kitab tersebut akhirnya diserahkan (kepada pemerintah Hindia Belanda) dan disertakan dalam laporan tersebut.
Kedua, sebuah catatan pengantar oleh van Beusechem, wakil presiden Raad van Justitie di Batavia, tentang residensi Kedu pada memori 1823 menyebutkan bahwa di sebuah pondok bambu dekat makam pendeta Windusana di distrik Balah, dekat desa Kendakan tersimpan kitab-kitab milik sang pendeta. Urutannya demikian: dahulu naskah-naskah itu dikumpulkan oleh seseorang bernama Ki Ajar Windusana, kemudian diturunkan kepada Ki Ajar Daka (sekarang makam keduanya dikeramatkan oleh warga Kedakan, Pakis, Magelang), keduanya beragama buddha (pra Islam), kemudian diturunkan kepada Kyai Doellet (Islam), kemudian diturunkan kepada Pak Kodjo.
Baca Juga:Apple iPhone 14 Bakal Hadir Bulan DepanCegah Gejala FOMO Kurangi Akses Media Sosial
Pemerintah Hindia Belanda akhirnya mendapatkan koleksi naskah Merbabu dengan ‘mahar’ sebuah kotak sirih emas senilai ƒ350 atau lebih murah daripada yang telah diperkirakan oleh Residen Kedu sebesar ƒ500. Dalam arsip notulen tahun 1849 terdapat lampiran daftar pertanyaan tentang latar belakang misi naskah Merbabu yang dikirim dalam enam peti mati, namun karena usaha pengadaan naskah Merbabu baru dimulai tahun 1850, kemungkinan telah terjadi salah penempatan pada dokumen tersebut.
Awalnya dikatakan bahwa naskah yang dibawa ke Jakarta berjumlah 1000 eksemplar. Entah ini melebih-lebihkan atau memang sebanyak itu jumlah aslinya, namun sekarang naskah yang tersimpan di Perpustakaan Nasional yang sudah dikatalogisasikan berjumlah 300 sampai 400an eksemplar. Lainnya, naskah-naskah itu tersebar di beberapa penjuru dunia. Seperti Perpustakaan Nasional Perancis, Perpustakaan Leiden, Belanda, Jerman dan diduga ada juga yang tersimpan di Perpustakaan Vatikan.