Dan pada akhirnya setelah berhasil dikepung mereka para pemberontak menyerah juga. Kemudian M. Joesoeph sebagai pimpinan pemberontak berhasil ditangkap di rumah Mr. Suparman bersamaan dengan ditangkapnya Mr. Suprapto yang berusaha untuk melarikan diri.
Pemberontakan yang terjadi di Cirebon tersebut sangat dikutuk oleh pemimpin-pemimpin PKI seperti Sardjono dan Maruto Darusman. Mereka para pemimpin-pemimpin PKI menyatakan tidak bertanggung jawab atas tindakan M. Joesoeph tersebut, dan perbuatan tersebut dianggap lancang menyimpang dari strategi PKI.
Akhirnya M. Joesoeph dibawa ke Mahkamah Partai untuk dilakukan sidang. Sidang tersebut dihadiri paling tidak oleh 60 tokoh komunis, dan dalam perkara pembelaan yang dilakukan oleh M. Joesoeph semuanya ditolak. Setelah peristiwa tersebut, Sardjono dan para tokoh PKI yang lainnya kemudian membentuk sebuah panitia pembersihan PKI guna menetralkan PKI dari para pemberontak-pemberontak. (*)