Sebagai pusat Kerajaan Pakuan-Pajajaran, sejarah Kota Bogor pada periode tersebut tidak terlepas dari sejarah Kerajaan Pajajaran.
Keberadaan Kerajaan Pajajaran di wilayah bagian barat Pulau Jawa tercatat pada naskah-naskah Sunda kuno, catatan perjalanan bangsa asing yang berkunjung, dan dari benda peninggalan kerajaan itu sendiri. Benda peninggalan yang dimaksud adalah batu yang berukir tulisan atau prasasti.
Sumber sejarah Kerajaan di Bogor berasal dari prasasti dan naskah-naskah kuno. Informasi sejarah yang terdapat dalam kedua sumber tersebut memiliki kekurangan dan kelebihan masing-masing.
Baca Juga:Fakta Petilasan Prabu Dewantaprana Sri Baduga Maharaja di Majalengka, Telaga Mas Tak Sembarangan Dipakai BerendamRoh-Roh Orang Mati Bersatu dengan Batara Tunggal dan 10 Makam Tentara Nazi di Situs Arca Domas
Teks pada naskah jauh lebih panjang isinya dibanding dengan isi pada prasasti.
Teks naskah yang panjang memungkinkan masuknya unsur subyektifitas penyusun atau penulis. Hal ini berdampak pada nilai informasi yang berkurang namun memperkaya informasi makna budaya di dalamnya.
Menurut Ekadjati (2009), terdapat beberapa buah naskah yang telah dipelajari dan memiliki sumber informasi sejarah yang relevan, yaitu naskah Carita Parahiyangan, Fragmen Carita Parahiyangan, Sanghyang Siksa Kandang Karesian, Amanat Galunggung, Sèwaka Darma, Serat Dèwa Buda, Kawih Paningkes, Carita Ratu Pakuan, Carita Waruga Guru, Sanghiyang Hayu, Serat Catur Bumi dan Sanghiyang Raga Dèwata, Bujangga Manik, Sri Ajnyana, dan naskah Ramayana.
Lokasi Pajajaran pada abad ke-15 dan abad ke-16 dapat dilihat pada peta Portugis yang menunjukkan lokasinya di wilayah Bogor, Jawa Barat.
Sumber utama sejarah yang mengandung informasi mengenai kehidupan sehari-hari di Pajajaran dari abad ke 15 sampai awal abad ke 16 dapat ditemukan dalam naskah kuno Bujangga Manik.
Nama-nama tempat, kebudayaan, dan kebiasaan-kebiasaan masa itu digambarkan terperinci dalam naskah kuno tersebut.
Pakuan Pajajaran hancur, rata dengan tanah, pada tahun 1579 akibat serangan Kesultanan Banten.
Baca Juga:Wonosobo ‘Wanua Seba’ Tempat Berkumpulnya Para Pendeta dari Seluruh Dunia Melalui Pantura JawaAnjawong Khodam Prabu Siliwangi, Apakah Anda Telah Mengetahuinya?
Berakhirnya zaman Kerajaan Sunda ditandai dengan dirampasnya Palangka Sriman Sriwacana (batu penobatan tempat seorang calon raja dari trah kerajaan Sunda duduk untuk dinobatkan menjadi raja pada tradisi monarki di Tatar Pasundan), dari Pakuan Pajajaran ke Keraton Surosowan di Banten oleh pasukan Maulana Yusuf.
Selama ratusan tahun, ibukota Pakuan Pajajaran ditinggalkan penduduknya. Lokasi serta gambaran ibukota Pajajaran itu seperti hilang ditelan bumi.